行政诉讼法第45条、第46条规定的起诉期限，不同于民法典第一编第九章规定的诉讼时效。首先，起诉期限是不变期间，不发生中止、中断。诉讼时效可依法中止、中断。其二，起诉期限适用于起诉权，诉讼时效适用于债权请求权。其三，超过法定起诉期限起诉的且无法定扣除、申请延长情形的，法院不予立案；已经立案的，裁定驳回起诉。超过诉讼时效提起民事诉讼的，法院仍应受理，并进行审理和判决。简言之，起诉期限属于诉讼法上程序性事项，以裁定方式解决；而诉讼时效属于实体法上实体性事项，以判决方式解决。最后，法院可依职权主动适用起诉期限的规定。人民法院不得主动适用诉讼时效的规定。当事人超过诉讼时效期间起诉的，受理后对方当事人提出诉讼时效抗辩，法院经审理认为抗辩事由成立的，判决驳回原告的诉讼请求。
