倭是古时中国人对九州岛现在福冈县一带的人的称呼（出土文物有“汉倭奴国王印”现存福冈县），因见当地人矮小故称之为倭。至少在西汉时期以九州为代表的日本人被称之为倭奴（就像称呼北方游牧民族匈奴一样），称之为奴确实有鄙视其不开化的意思。至唐武则天时期，倭人略知文明，认为倭字不雅，以日出大海之地为名即日本，向女皇武则天请求更改国号，被朝廷恩准。日本之名号自此始。大明中叶，由于日本处于南北朝时期，持明院统（后深草上皇一系）最终通过各种手段将大觉寺统（龟山天皇一系）打败，使得产生很多落魄武士，又因战乱频仍，流民众多，故此结伙出海抢劫，形成了海盗和盗匪，因国人惯称日本人为倭，故倭人为盗寇，称其为倭寇。
“倭寇”一词成了古代日本海盗的称呼，最早出现在中国的《后汉书》中。东汉初年，日本列岛上的一些海盗经常侵扰中国沿海地区，因此被称为“倭寇”。到了明朝时期，倭患加剧，倭寇成为了明朝沿海地区最大的威胁之一。特别是13世纪至16世纪期间，以日本为基地，活跃于朝鲜半岛及中国大陆沿岸的海盗集团。因此，“倭寇”中的“倭”字指的是日本。
《明太祖宝训》卷六十九载，洪武二十八年（1395 年），朱元璋曾对琉球国使者说：“朕闻琉球自古为中国外藩，……令使者转达其王，朕体天心，为尔兴兵诛之。”又云：“朕若征日本，汝国为先锋。”当时琉球即臣服中国，可见明朝已经视琉球为自己的属国。而琉球和倭寇是勾结在一起的，在倭寇进攻朝鲜时，琉球曾出兵援助；倭寇骚扰中国沿海时，琉球人也参与其中。所以中国人才会把日本人称为“倭寇”。洪武三十一年（1398 年），琉球国中山王派遣王子向明朝进贡，并请求册封。明太祖回绝琉球王说：“琉球国虽臣于中国，未赐印绶，难以称呼。故特命尔国铸造印来朝，朕即赐之。”在此之前，倭寇多次侵扰海上边境，但明太祖都没有采取过什么措施。到琉球国进贡并请求册封时，明太祖却想出兵征讨倭寇。说明此时的明朝已经能把琉球和倭寇区别对待了，琉球人不是倭寇，而是自己的属民。自此，明朝开始积极抵御倭寇侵扰，并和日本有过多次交战。
同时，据历史学家考证，倭寇的形成与日本国内的政治、经济、社会的发展紧密相关。12 世纪末至 13 世纪初，日本处于镰仓幕府的统治之下，社会矛盾十分尖锐，各地大名为了争夺权力和土地不断发生战事。同时，日本国内的土地兼并日益加剧，很多农民失去土地，被迫成为流民，为了生存他们不得不出海进行抢掠和贸易。另一方面，当时的中国处于南宋时期，国力衰弱，政权腐败，特别是在 13 世纪中叶宋朝被元朝灭亡后，元朝为了防止南宋遗民反抗，在东南沿海地区实行了极其严格的海禁政策，使得正常的海外贸易受到极大的限制。个别从事贸易的中国商人为了获取更大的利润，不得不采取武装走私的方式，与日本海盗勾结，共同抢掠中国沿海地区。并且明朝时期的倭寇主要是日本人，有历史资料、朝鲜和日本的记载为证。
又因倭寇的行为严重破坏了中国东部沿海地区的经济和社会稳定，以掠夺财物和人口为目的，给中国人民带来了极大的痛苦和财产损失。在16世纪日本丰臣秀吉对朝鲜半岛出兵、以及中国的抗日战争里，对中朝两国人民造成了极大的伤害，中朝两国的人民都称呼侵略的日本军为“倭寇”。而在往后的恨日排日风潮中，倭寇更成为敌视日本人的用语，通常也带有贬义和鄙视的意味。
